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从科研意识、方法和精神三方面培养研究生
一、创造优良的学术研究氛围，培养研究生形成敏锐的科研意识
1．在研究生课程学习阶段文献综述的撰写和评价：培养研究生对科学问题的基本理解能力。我们要求研究生在课程学习阶段，围绕1项导师指定课题和1项自选课题，在查阅国内外文献的基础上完成2篇文献综述。在阅读文献的过程中，我们要求研究生特别注意四个问题，即：（1）论文所研究的科学问题是什么？是否重要？为什么重要？（2）论文中用到哪些研究手段？这些研究手段足以解决所提出的科学问题吗？（3）论文中是否有创新的思想？是否使用了新的研究手段？（4）论文产生了新的结论或概念吗？论文的数据是否能够支持这些结论或概念？并在最终的文献综述中体现对这四个问题的看法。研究生完成文献综述后，我们一般不要求他们立即投稿学术期刊，而是让研究生在研究过程中不断完善文献综述，提高综述的质量，在完成学位论文后再投稿。研究室已有数篇由研究生完成的综述发表在SCI期刊和国内一级学报上，成为总结某一学科发展的重要文献材料。
2．确立研究课题后开题报告的撰写和评价：培养研究生对所研究问题的科学思维能力。我们要求研究生在开展研究工作时要有清晰的科研思路，但我们也深知科研思路的形成绝非一朝一夕之功。在研究生完成2篇文献综述的基础上，我们根据研究生自身的背景和研究兴趣，和研究生讨论确定或有重要学术意义、或有很好工程应用前景的课题，并要求研究生按（1）为什么要做这个课题？（2）前人的研究中还存在什么问题？你的研究和前人工作相比有何特点？（3）准备研究什么内容？如何开展研究？研究结果预期能说明什么问题？的要求来完成开题报告。我们的感受是，早作开题报告并作好开题报告，让研究生在整个研究过程中始终有一个清晰的科研思路，对确保研究生在规定时间、给定研究条件下取得预期研究成果至关重要。
3．在研究阶段坚持两周一次的学术报告会制度：培养研究生对所研究问题的逻辑分析能力。从1995年开始，我们研究室建立了两周一次的学术报告会制度，要求进入研究阶段的研究生在报告会上围绕五个问题做报告：（1）前两周做了什么实验？（2）得到什么结论？（3）存在什么问题？（4）下两周准备做什么实验？（5）为什么要做这些实验？研究生作完报告之后，我们根据课题的进展情况，引导具有不同专业背景（发酵工程、微生物学、生物化学、食品工程、化学工程、环境工程）的研究生开展讨论，并给予适当的分析和指导，使研究生进一步理清思路，锻炼他们对具体科学问题的逻辑分析能力。通过实施定期的学术报告会制度，我们能够及时了解和把握研究生的科研工作进展；研究生则这种开放式的讨论中学会如何思考问题并有效解决问题，达到了增强研究紧迫感、活跃学术气氛、拓宽研究生知识面的目的。由我们倡导的定期学术报告会制度，目前已在生物工程学院多个研究室中得到推广。
二、建立导师和研究生的互动机制，指导研究生掌握正确的科研方法
1．指导研究生掌握研究课题的选择方法。本研究室的研究课题通常有四种来源：一是研究生通过阅读文献提出的前瞻性课题；二是纵向课题，三是直接面向工程实践的企业合作课题；四是与国内外研究机构合作的课题。我们把研究生在查阅文献的基础上和导师共同确定的课题作为第一来源，是因为研究室目前所承担的纵向、横向及合作研究课题大部分都是在这一基础上申请得到的。在指导研究生选题时，我们要求研究生牢牢把握选题的重要性、可能性和现实性原则。研究课题的重要性体现在是否有科学思想和研究方法上的创新；可能性体现在所提出的科学思想是否与现有的知识相矛盾，是否可能获得有意义的结果；现实性则是指是否有现实可行的而又可望成功的具体研究方案。研究生在完成文献查阅工作后，与导师共同讨论课题的重要性、可能性和现实性，有些能力强的研究生还在导师的指导下协助导师撰写科研项目申请书，并成功地申请到了国家自然科学基金等国家级和部省级课题。对于具有交叉学科背景的研究生，我们一般指定课题，指导学生阅读与所从事课题最相关的国内外文献，尽快进入实验环节，即先“知其然”；在研究的过程中再指导研究生阅读发酵工程方面的专业书籍，弥补发酵工程专业知识系统性不够的缺陷，达到“知其所以然”，在实践中让他们间接理解科研选题的重要性、可能性和现实性原则。
2．指导研究生掌握科学的实验方法。发酵工程是一个实践性很强的专业。一方面，我们的大部分研究课题属于应用基础课题，直接面向生产实践，最终目标是实现发酵产品的工业化生产；另一方面，发酵工程是一门实验性很强的学科，大部分研究结果必须、也只能从实验研究中获得。因此，实验设计是否合理、实验操作是否正确、实验结果的分析测定是否可靠、实验数据的归纳推理是否科学，直接影响最终学位论文的质量。我们强调“实验设计要有明确目的，实验操作过程要透彻了解所使用技术的原理，实验记录要忠实而详细，实验结果要有统计分析并能够被重复”，在这一过程中循序渐进地培养研究生独立开展实验研究的能力。研究生应当具有的另一个重要能力是如何从实验数据这些“现象”中抽象出科学结论的“本质”内容。我们通过坚持定期的学术报告会及不定期的学术讨论，让研究生在讨论中学习导师分析数据和归纳总结的方法，然后独立思考，达到对某些问题“顿悟”的效果，并进而提出新思想、新概念和新思路。接受这种与国际接轨的教育模式的培养，对研究生培养自己的科研直觉和洞察力是一种宝贵的经历。
3．指导研究生掌握论文的写作方法。长期以来，如何撰写学术论文一直是研究生培养计划中忽略的问题。本研究室首先要求研究生在读期间必须发表学术论文，如规定博士生和硕士生在读期间发表（或录用）的论文积分应分别达到10分和5分才能获得毕业资格；另一方面，我们也会系统地讲授有关学术论文的组成要素、写作方法、图表的分析、参考文献的规范性等一系列问题，帮助研究生发表高水平的研究论文。在论文撰写之前，我们告诉研究生怎样的论文才是一篇好论文；在论文撰写的过程中，我们指导研究生如何掌握构思要点、基本撰写方法和技巧，如何对结果进行分析和讨论，如何避免常见错误，并提高论文的可读性；在论文完成之后，我们要求研究生按“条理是否清楚？语言是否简单、平实、明确、直接？是否容易理解？是否正确、准确地使用了语言？”这四个要求来检查论文；在论文投稿过程中，我们指导研究生了解论文的投稿、评阅和发表过程，正确对待审稿意见和退稿。
4．指导学生掌握学术报告的陈述方法。我们在长期的学术报告会实践中让研究生体会到，第一，一个好的学术报告如同一篇好的论文一样，应当有一个清晰的思路，即要体现“研究什么问题？为什么研究这个问题？如何研究的？发现了什么？发现意味着什么？”；第二，学术报告毕竟不同于研究论文，是视听同时进行，并且要求在限定时间内完成。因此，学术报告主题不能分散且内容不能太多，不能让听众忙于看幻灯片；第三，学术报告的目的是介绍科研的最新进展，因此，要尽量选择多样化的表达方式，如设计可以说明现象的示意图等，向听众传达想要表达的科学内容并使之留下深刻印象；第四，一定要遵守时间，表示对听众的尊重。总之，一个好的学术报告应当象在讲述一个有趣的故事，这样一定能取得良好的效果。
三、在重视发展研究生综合素质的同时，帮助研究生形成坚韧的科研精神
1．在整个培养阶段树立导师的榜样作用。本研究室的教师都在自己的岗位上勤奋踏实地工作，不断增长学问，所形成的团结协作、艰苦奋斗的科研精神和良好的科研道德，对每一位研究生都会产生很大的影响。我们还经常会向研究生介绍一些研究室所取得的最新成果，展望生物工程学院和本研究室的未来，鼓励他们以“正直、勤奋、仁爱”的态度做人，以“严谨、规范、诚实”的态度做事，共同努力建设一个“团结、进取、创新”的研究室。
2．在整个培养阶段充分尊重和发展研究生的个性和创造精神。我们把每一个研究生看做具有创造潜能的主体、具有丰富个性的主体，努力在研究室创造宽松和探索环境和学术氛围：在选题上为研究生提供更多的选择机会；在研究过程中让研究生真正主动地、生动活泼地发展个性思维；在论文写作中充分开拓想象力。
3．在选题过程中充分考虑研究生的背景和兴趣。结合在研究生培养中得出的经验，我们认为选题要充分考虑研究生本人的特点、基础、个人经历、特长以及个人兴趣。没有兴趣，即使勉强从事某一课题的研究，在遇到困难时研究生缺乏解决问题的动力，因此很难作出有价值的成果。
4．在研究过程中培养研究生的意志品质。我们提倡“快乐科研”，但从事科研工作将不可避免地遭遇失败，所以我们特别重视培养学生正确对待困难和挫折的态度。每当研究生在研究中遇到不顺利的时候，指导教师们都会用自己的亲身经历开导他们，帮助他们分析实验设计和具体操作中的得与失，在反复的失败和成功中磨炼他们坚韧不拔的意志。本研究室的大部分研究生都是以十二分的努力在对待他们的工作。有些研究生坦诚地说，研究阶段压力很大，但这种压力不是来自于老师，更多的时候是来自于自身。他们不会被这种压力击倒，相反的是，他们非常愿意“自加压力”，迎接由这些压力带来的挑战。
总之，在以上教育思想的指导下，我们较好地解决了培养研究生与完成科研项目之间的四个矛盾。即：科研项目分工的局部性与论文要求的完整性之间的矛盾；科研项目的实用性与研究生论文的理论深度之间的矛盾；完成科研项目与要求发表论文之间的矛盾；科研项目完成与论文进度不一致的矛盾。成功地将这些矛盾转化为鞭策研究生积极向上的动力，取得了科研成果和人才培养的双丰收，培养出了50名创新能力和工程素质俱佳的研究生（其中博士生15名）。
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